讨厌的假基因,用家系验验你的真身

王先生是一名脊肌萎缩症疑似患者,临床症状表现为全身肌无力,脊柱侧弯严重,体重32公斤,无家族遗传病史。血样送至基因检测权威机构华大基因股份有限公司进行建库上机,突变位点输出后,由遗传分析师陈丽莎接手。

当剔除掉高频位点之后,剩下的低频位点中并未找到任何的已知或疑似致病突变。遗传分析师继而将希望寄托在基因大片段缺失重复的CNV分析,结果发现SMN1基因的CNV存在异常。SMN1基因的7号外显子(EX7)的捕获深度比同一批次的其他样本低很多,初步怀疑SMN1基因EX7纯合缺失。按照遗传分析的流程,下一步会通过QPCR实验进行验证,结果显示SMN1基因EX7即非纯合缺失也非杂合缺失,RQ值处于0.15左右,连续实验两次,均是如此,无法判定纯杂合。

遗传分析从来都不是件马虎的事,报告中绝对不允许存在半信半疑位点,为了获得精确的诊断结果,几位老专家凑一块,细致讨论一番后,最终建议寄送先证者父母样本进行验证。验证结果出来了,表型正常的父母均是SMN1基因EX7杂合缺失,如此,遗传分析们可以坚定地认为,是SMN1基因EX7纯合缺失导致先证者患脊肌萎缩症。长舒一口气,又解决的一例疑难位点,成就感不言而喻。

但是问题来了,为什么先证者的EX7可以捕获到数据,丽莎同志又陷入了沉思,查阅已有的文献及数据库相关报道,发现SMN1基因存在序列相似的假基因干扰,也就是说实验捕获到另一个基因相似片段,从而对纯合缺失造成干扰。如此典型的位点,如此有意思的假基因,如此经验,值得珍藏。

罕见病虽罕见,但能预见!

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长按







































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